El área se caracteriza desde el punto de vista faunístico por la existencia de tres ambientes bien diferenciados: las zonas húmedas y sus áreas de influencia (pastizales perilagunares y zonas de encharcamiento estacional), la zona
de albardinal que se sitúa en la parte oriental de la zona en estudio y las tierras de cultivo (principalmente cereal de secano, algún viñedo y olivar).
El valor más destacado del área lo constituyen las poblaciones de aves acuáticas asociadas a las lagunas. También resulta muy interesante la presencia de dos carnívoros amenazados, muy ligados a los cursos de agua, bosques
ribereños y humedales, como son la nutria y el turón.
En paréntesis figura la categoría de amenaza en que se incluye la especie en el Catálogo Regional de Especies Amenazadas de Castilla-La Mancha, correspondiendo la abreviatura “PE” a la categoría “en peligro de extinción”,
“V” a la categoría “vulnerable” e “IE” a la categoría de “interés especial”.
a) Aves acuáticas.
La zona presenta importancia internacional por las poblaciones nidificantes y migrantes de pato colorado (Netta rufina), la población reproductora de avefría (Vanellus vanellus) y focha cornuda (Fulica cristata) (PE) y por las concentraciones
de grulla común (Grus grus) (V) en migración. Además se han superado más o menos ocasionalmente, en función de los niveles de agua, los criterios de importancia internacional establecidos para la nidificación de zampullín
cuellinegro (Podiceps nigricollis) (V), cigüeñuela (Himantopus himantopus) (IE) y canastera (Glareola prantincola) (V), y para el paso migratorio de zampullín cuellinegro, malvasía (Oxyura leucocepahala) (PE), cigüeñuela,
canastera y pagaza piconegra (Gelochelidon nilotica) (V). Tiene importancia nacional la población reproductora de somormujo lavanco (Podiceps cristatus) (IE).
Destaca en la época reproductora la nidificación de varias especies amenazadas o escasas a nivel nacional, como: garza imperial (Ardea purpurea) (V), avetorillo (Ixobrychus minutus) (V), avetoro (Botaurus stellaris) (PE), ánade
rabudo (Anas acuta), cerceta carretona (Anas querquedula), pato cuchara (Anas clypeata), porrón común (Aythya ferina), malvasía, calamón (Porphyrio porphyrio) (V), polluela chica (Porzana pusilla) (V), polluela bastarda (Porzana
parva) (V), canastera, chorlitejo chico (Charadrius dubius) (IE), archibebe común (Tringa totanus) (IE), gaviota reidora (Larus ridibundus), fumarel cariblanco (Chlidonias hybridus) (V) y fumarel común (Chlidonias niger) (V). Existía
una antigua garcera con nidificación habitual de garcilla cangrejera (Ardeola ralloides) (PE), garceta común (Egretta garzetta) (IE), garcilla bueyera (Bubulcus ibis) (IE) y martinete (Nycticorax nycticorax) (V).
En cuanto a la invernada, la zona presenta importancia a nivel nacional para ánade friso (Anas strepera), ánade real (Anas platyrhynchos), pato colorado y número total de anátidas y fochas. También se superan ocasionalmente
los criterios establecidos para tarro blanco (Tadorna tadorna) (V), cerceta común (Anas crecca), ánade rabudo, pato cuchara, porrón común y focha común (Fulica atra). Se ha detectado la invernada, más o menos frecuente
en función de los niveles de agua, de varias especies amenazadas a nivel nacional: zampullín cuellinegro, zampullín chico (Tachybaptus ruficollis) (IE), avetoro, garcilla cangrejera, garceta común, tarro blanco, cerceta carretona,
pato colorado, porrón pardo (Aythya nyroca) (PE), malvasía, grulla común, calamón, avoceta (Recurvirostra avosetta) (V), agachadiza común (Gallinago gallinago), zarapito real (Numenius arquata) (IE) y gaviota sombría (Larus fuscus).
Además, durante los pasos migratorios se han detectado, más o menos ocasionalmente, otra serie de especies amenazadas o escasas a nivel nacional: avetoro, martinete, cigüeña negra (Ciconia nigra) (P), cigüeña blanca (Ciconia ciconia) (IE), morito (Plegadis falcinellus) (V), espátula (Platalea leucorodia) (V), porrón bastardo (Aythya marila), porrón osculado (Bucephala clangula), cerceta carretona, polluela chica, polluela pintoja (Porzana porzana) (V), polluela bastarda, focha cornuda, ostrero común (Haematopus ostralegus), avoceta, chorlitejo chico, chorlitejo patinegro (Charadrius alexandrinus) (IE), chorlito carambolo (Charadrius morinellus) (IE), agachadiza común, agachadiza real (Gallinago media), zarapito real, gaviota cana (Larus canus), pagaza piconegra, charrancito (Sterna albifrons) (V), fumarel cariblanco, fumarel común y fumarel aliblanco (Chlidonias leucopterus). Existen también observaciones esporádicas de especies escasas a nivel nacional, como porrón bastardo, porrón osculado, gaviota cana y fumarel aliblanco.
b) Otras aves.
Entre las aves destaca la nidificación de algunas especies amenazadas o escasas, de pájaros asociadas al carrizal: bigotudo (Panurus biarmicus) (V) y carricerín real (Acrocephalus melanopogon) (V), buscarla unicolor (Locustella luscinioides) (IE) y escribano palustre (Emberiza schoeniclus) (IE). Otras especies de interés que también nidifican en la zona son: cernícalo primilla (Falco naumanni) (V), tórtola común (Streptopelia turtur), críalo (Clamator glandarius) (IE), chotacabras pardo (Caprimulgus ruficollis) (IE), carraca (Coracias garrulus) (V) y avión zapador (Riparia riparia) (V). El aguilucho lagunero (Circus aeruginosus) (V) está presente todo el año, con importantes poblaciones reproductoras e invernantes. También nidifica el aguilucho cenizo (Circus pygargus) (V). Varias especies esteparias amenazadas se encuentran todo el año asociadas a los cultivos y baldíos pedregosos de la zona: avutarda (Otis tarda) (V), sisón (Tetrax tetrax) (V), alcaraván (Burhinus oedicnemus) (IE), ganga común (Pterocles alchata) (V) y alondra de Dupont (Chersophilus duponti) (V). El martín pescador (Alcedo atthis) (V) está presente todo el año. En migración e invernada aparecen cinco especies de rapaces amenazadas: aguilucho pálido (Circus cyaneus) (V), gavilán (Accipiter nisus) (V), halcón peregrino (Falco peregrinus) (V), esmerejón (Falco columbarius) (IE) y lechuza campestre (Asio flammeus) (V). También aparecen habitualmente águila pescadora (Pandion haliaetus) (V) y milano real (Milvus milvus) (V) durante los pasos migratorios, momento en que asimismo se localizan grandes concentraciones de avión zapador, que utilizan los extensos carrizales para dormir. Invernada de pechiazul (Luscinia svecica) (V). Hay citas ocasionales de alimoche (Neophron percnopterus) (V), azor (Accipiter gentilis) (V), terrera marismeña (Calandrella rufescens) (IE), mirlo capiblanco (Turdus torquatus) (IE), zorzal real (Turdus pilaris), buscarla pintoja (Locustella naevia) (IE), zarcero pálido (Hippolais pallida) (IE), mosquitero silbador (Phylloscopus sibilatrix), lúgano (Carduelis spinus) (IE), picogordo (Coccothraustes coccothraustes) (IE) y escribano hortelano (Emberiza hortulana) (IE) en migración. Dormidero invernal muy importante de estornino pinto (Sturnus vulgaris). También cabe destacar la existencia de varias especies cinegéticas, como perdiz roja (Alectoris rufa), paloma bravía (Columba livia), paloma torcaz (Columba palumbus), paloma zurita (Columba oenas), becada (Scolopax rusticola), codorniz (Coturnix coturnix)y diversos córvidos.
c) Mamíferos.
Entre los mamíferos destaca la presencia de dos carnívoros amenazados a nivel nacional, la nutria (Lutra lutra) (V) y el turón (Mustela putorius) (IE), ambos asociados al cauce del río Gigüela y a las lagunas. En la zona aparecen también otras especies, como topo ibérico (Talpa occidentalis) (IE), erizo europeo (Erinaceus europaeus) (IE), musaraña común (Crocidura russula) (IE), musarañita (Suncus etruscus) (IE), conejo (Oryctolagus cuniculus), liebre ibérica (Lepus granatensis), lirón careto (Eliomys quercinus), rata de agua (Arvicola sapidus) (IE), topillo común (Pitymys duodecimcostatus), rata negra (Rattus rattus), rata común (Rattus norvegicus), ratón común (Mus musculus), ratón moruno (Mus spretus), ratón de campo (Apodemus sylvaticus), zorro (Vulpes vulpes), tejón (Meles meles) (IE), comadreja (Mustela nivalis) (IE) y jabalí (Sus scrofa), además de algunas especies de quirópteros.
d) Anfibios y reptiles.
En la comunidad de anfibios está representada por las siguientes especies: gallipato (Pleurodeles waltl) (IE), tritón jaspeado (Triturus pygmaeuss) (IE), sapillo pintojo ibérico (Discoglossus galganoi) (IE), sapo partero ibérico (Alytes cisternasii) (IE), ranita de San Antonio (Hyla arborea) (IE) y rana común (Pelophylax perezi). Existen citas antiguas (anteriores a 1970) de la presencia en la zona de tritón ibérico (Lissotriton boscai) (IE), pero la especie no ha vuelto a ser localizada. Respecto a los reptiles aparecen especies como el galápago leproso (Mauremys leprosa) (IE), culebrilla ciega (Blanus cinereus) (IE), salamanquesa común (Tarentola mauritanica) (IE), eslizón ibérico (Chalcides bedriagai) (IE), lagartija colirroja (Acanthodactylus erythrurus) (IE), lagartija colilarga (Psammodromus algirus) (IE), lagartija cenicienta (Psammodromus hispanicus) (IE), lagarto ocelado (Timon lepida) (IE), lagartija ibérica (Podarcis hispanica) (IE), culebra lisa meridional (Coronella girondica) (IE), culebra de escalera (Rhinechis scalaris) (IE), culebra bastarda (Malpolon monspessulanus) (IE), culebra de collar (Natrix natrix) (IE) y culebra viperina (Natrix maura) (IE).
e) Ictiofauna.
Los datos disponibles sugieren que en los tramos fluviales de la zona de estudio no existen poblaciones piscícolas con presencia permanente, a excepción de las poblaciones presentes en la laguna del Taray, principalmente de carpa (Cyprinus carpio).
f) Invertebrados.
Al abrigo de las comunidades vegetales halófilas terrestres que aparecen en los albardinales de la parte oriental del ámbito de estudio se desarrollan dos especies de coleópteros endémicas de la región, Poecilus zaballosi (IE) y Broscus uhagoni (IE).