La zona se caracteriza desde el punto de vista faunístico por la existencia de dos ambientes bien diferenciados: la laguna y sus áreas de influencia y los cultivos de secano (cereal, viñedo, con algunos olivos y almendros). En el borde oeste y noroeste de la laguna destaca la presencia de un pinar de Pinus halepensis bien desarrollado.
El interés faunístico de la zona se basa fundamentalmente en las poblaciones de aves acuáticas asociadas a la Laguna del Prado (en paréntesis figura la categoría de amenaza en que se incluye la especie en el Catálogo Regional de Especies Amenazadas de Castilla-La Mancha, correspondiendo la abreviatura "P" a la categoría "En peligro de extinción", "V" a la categoría "vulnerable" e "I" a la categoría "de interés especial").
La Laguna del Prado tiene importancia internacional, al superar los criterios establecidos para Cigüeñuela (I) nidificante y en paso. En época de cría resulta interesante la reproducción de algunas especies amenazadas o escasas a nivel nacional: Pato cuchara, Pato colorado, Porrón común, Avoceta (V), Chorlitejo chico (I), Chorlitejo patinegro (I), Avefría, Gaviota reidora y Charrancito (V).
En invierno la zona ha superado ocasionalmente los criterios de importancia nacional establecidos para Tarro blanco (V), Cerceta común, Pato cuchara y número total de anátidas y fochas. También es importante la invernada de Cigüeñuela (I), Avoceta (V), Chorlitejo patinegro (I), Correlimos menudo (I), Combatiente (I), Agachadiza común, Aguja colinegra (I), Zarapito real (I) y Archibebe claro (I).
Con menor frecuencia se detectan en la zona especies amenazadas a nivel nacional: Zampullín cuellinegro (V), Martinete (V), Garza imperial (V), Cigüeña blanca (V), Flamenco (V), cuya presencia ha aumentado en los últimos años, con intentos de nidificación en el verano del año 2000; Cerceta carretona, Cerceta pardilla (P), Pato colorado, Grulla común (V), Canastera (V), Chorlitejo chico (I), Agachadiza común, Zarapito real (I), Gaviota cabecinegra, Pagaza piconegra (V), Charrancito (V), Fumarel cariblanco (V) y Fumarel común (V). Además, es una zona de observación regular de algunas especies de limícolas escasas en las zonas húmedas interiores españolas (Chorlito gris (I), Correlimos gordo (I), Correlimos tridáctilo (I), Correlimos de Temminck (I), Aguja Colipinta (I), Archibebe fino (I), Vuelvepiedras, Falaropo picogrueso, etc.). También se han citado Falaropo picogrueso y Fumarel aliblanco, especies escasas en zonas interiores españolas.
Entre las aves no acuáticas que habitan en la zona, destaca la presencia todo el año de varias especies esteparias amenazadas , asociadas a los cultivos de secano: Sisón (V), Avutarda (V), Alcaraván (I), Ortega (V) y Ganga común (V). Otras especies nidificantes de interés son Cernícalo primilla (V), Tórtola común y Críalo (I). Varias especies de rapaces amenazadas aparecen fuera del período reproductor: Milano real (V), Aguilucho lagunero (V), Gavilán (V), Esmerejón (I) y Halcón Peregrino (V).
Dentro del grupo de los mamíferos, además de diversas especies de quirópteros que campean en la zona, cabe citar la presencia de Topo Ibérico (I).
En la Comunidad de anfibios y reptiles destaca la presencia del Gallipato (I), Tritón jaspeado (I), Ranita de San Antonio (I) y Culebra de herradura (I).
Entre los invertebrados terrestres destaca la presencia de Phrydiuchus quijote (O. Coleoptera, Fam.Curculionidae), especie endémica de Castilla-La Mancha descrita recientemente y de la que sólo se conocen tres ejemplares, uno de ellos colectado en la zona. También resulta de gran interés la presencia de Apteromantis aptera (O. Dyctioptera, Fam. Mantidae), especie incluida en el Catálogo Regional con la categoría “De interés especial”. Las poblaciones de carábidos (O. Coleoptera, Fam. Carabidae) de carácter halófilo también deben presentar interés, aunque no han sido estudiadas. Asimismo está citado en la zona el neuróptero Dilar saldubensis (Fam. Dilaridae), endemismo ibérico.