La gran variedad de hábitats que coexisten en espacios muy cercanos en el Parque Natural, se traduce en una gran diversidad de especies de fauna, muchas de ellas protegidas y objeto de programas de conservación.
La comunidad de aves se organiza en torno a cinco tipos de hábitats: en los roquedos nidifican águilas perdiceras y reales, halcones peregrinos, alimoches, buitres leonados, búhos reales o chovas piquirrojas; en los bosques habitan azores, gavilanes, águilas culebreras y otras rapaces forestales diurnas y nocturnas, como el cárabo o el búho chico, así como pequeñas aves forestales de interés; en el río es posible avistar mirlos acuáticos, martines pescadores o garzas reales; en las parameras y cultivos habitan, entre muchas otras especies, aguiluchos cenizos, ortegas y alcaravanes y, finalmente, en los medios humanizados encuentran refugio especies como la lechuza o el vencejo.
Entre los mamíferos destaca la variada comunidad de carnívoros, con especies como la garduña, el tejón, la gineta o el gato montés. Son abundantes el corzo y el jabalí y habita aquí una valiosa comunidad de murciélagos forestales y cavernícolas. En las aguas del río Dulce viven especies de interés como nutrias, musgaños de Cabrera y ratas de agua.
La herpetofauna del Parque Natural es variada. Entre los anfibios destacan el sapo partero común, el sapillo pintojo ibérico, la ranita de San Antonio o el gallipato, especies muy amenazadas debido a la fragilidad de sus hábitats, y entre los reptiles el lagarto ocelado, la lagartija colilarga o la culebrilla ciega.
Respecto a los peces, es valiosa la población de trucha común, con un alto nivel de pureza genética. También viven en el río Dulce barbos comunes, cachos y bermejuelas y es importante la comunidad de invertebrados acuáticos, con especies bioindicadoras del estado de salud del río como los ditiscos o escarabajos buceadores, o el escorpión acuático.
Programas de conservación de fauna amenazada
En el Parque Natural se desarrollan programas para garantizar la conservación de las poblaciones de especies más amenazadas. En el caso del águila perdicera, especie catalogada en peligro de extinción, se realiza el seguimiento anual de la pareja reproductora adoptando las medidas precisas para evitar molestias que puedan llevar al fracaso en la reproducción, y se actúa sobre las causas de mortalidad no natural, como la corrección de tendidos eléctricos de riesgo de electrocución. También se realizan censos reproductores anuales de las poblaciones de halcón peregrino, alimoche y águila real y se adoptan medidas para evitar molestias durante el periodo reproductor.
En el río Dulce se realizan muestreos anuales de la población de trucha autóctona, mediante técnicas de pesca eléctrica, en las estaciones de muestreo que determina el Plan de Gestión Regional para esta especie. También se realizan campañas de trampeo para el descaste del visón americano, especie exótica invasora que ha colonizado gran parte de los cursos fluviales del Parque. Por otro lado, en cuanto a la herpetofauna, se desarrolla un programa de conservación de anfibios especialmente centrado en las poblaciones de sapo partero común y sapillo pintojo ibérico, instalando cercados en charcas degradadas por el pisoteo del ganado o acondicionando fuentes y pilones para favorecer las puestas de los anfibios, entre otras acciones.
