Las principales formaciones boscosas son los pinares de Pinus nigra, Pinus pinaster, y Pinus halepensis, distribuidos según cota y orientación por casi toda la superficie del Parque, excepto en las zonas de mayor altitud de las distintas elevaciones montañosas.Los bosques de Pinus nigra clusiana se localizan en las cotas mas altas, limitando con los matorrales de alta montaña. Los bosques de Pinus halepensis y Pinus pinaster se encuentran en las zonas medias y bajas del parque. En cuanto a las frondosas, representan la vegetación potencial excepto en las áreas altas de los calares. Encinares y quejigares están representados sobretodo en las laderas de umbría del Calar del Mundo, ascendiendo hasta el Calar del medio, donde se encuentran los mejores ejemplares de quejigos centenarios. Esta presente también como singularidad florística el rebollo, mezclado con quejigos, con los que se hibrida; sobretodo en la Torca de los Malojos, y en el monte nº 62 del CUP, "Umbría Angulo", perteneciente al enclavado propiedad del ayuntamiento de Vianos. En cuanto a las formaciones de matorral, son significativos, a parte de los matorrales de alta montaña, los espinares que rodean los carrascales y quejigares, y la maquia silicícola levantina presente en determinadas zonas del parque con sustrato silíceo que da lugar a la existencia de madroño, brezo, agracejo etc.Hay presencia asimismo de numerosos microhabitats :riparios, de paredones rezumantes y tobas húmedas, comunidades rupícolas no nitrófilas, praderas, y bosques relícticos eurosiberianos ( presencia de olmo de montaña, avellano, tejo, acebo, fresno excelsior) . Todos los ecosistemas relatados dan lugar a una riqueza botánica expectacular, con 1.300 taxones de rango específico y subespecífico, contando con mas de 35 especies de flora incluídas en el catálogo regional de especies amenazadas; dos de ellas en peligro de extinción. El grado de endemismo es muy alto; existiendo endemismos béticos, ibero-mauritánicos, ibero-levantinos, ibéricos, europeos y mediterráneos.Destaca la abundancia en especies amenazadas como el Anthyllis rupestris, la Coincya rupestris, el Anthyllis ramburii, Bupleurum bourgaei, Cirsium rosulatum, Cotoneaster granatensis, Erodium cazorlanum, Fraxinus excelsior, Geranium cataractarum, Gypsophila monserratii, Pinguicula mundi, Sarcocapnos baetica, Scilla reverchonii, Taxus baccata, Acer opalus subs. granatense, Allium crysonemum, Arenaria tetraquetra subs. tetraquetra, Armeria villosa ssp. alcaracensis, Corylus avellana, Erysium favargeri, Festuca baetica subs. moleroi, Ilex aquifolium, Jasione crispa spp. segurensis, Juniperus thurifera, Moehringia intrincata spp. gienensis, Phyllitis scolopendrum, Prunus mahaleb, Quercus pyrenaica, Scorzonera albicans, Sorbus aria ssp. aria, Sorbus torminalis, Succisella andrea-molinae, Thymelaea granatensis, y Ulmus glabra. Por último hay que destacar la enorme variedad de orquídeas presente, con mas de 40 especies.
